ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

19 種のシロイヌナズナ生態型における ADP-リボース-1''-モノホスファターゼの比較ゲノム解析

Huifan Jiang、Haichao Wei、Chunyun Jiang、Wei Sun、Wen Dong、Nini Chen、Hui Zhang、Yanxiu Zhao、Zenglan Wang

A1ppまたはMACROドメインを含むADP-リボース-1''-モノホスファターゼは、細胞内の重要​​なプロセシング酵素であり、t-RNAプロセスのスプライシングに関与し、ADP-リボース-1''-モノリン酸をADP-リボースに触媒します。私たちは、シロイヌナズナで2つの遺伝子、AT1G69340とAT2G40600を同定し、アミノ酸には多くの違いがあるにもかかわらず、保存領域の空間構造は類似していることを発見しました。また、19のエコタイプの全ゲノムのデータを使用して、プロモーター、コード領域、非翻訳領域の配列の違いを分析し、AtGenExpressデータベースとRNA-seqデータに基づいて、Col-0のさまざまな組織と19のエコタイプの実生での両遺伝子の発現をそれぞれ比較しました。 Col-0 のデータによると、同じ遺伝子がいくつかの生態型で異なる発現パターンを示し、2 つの遺伝子は花器官と種子を除いて同様の発現パターンを示した。これらの結果は、転写因子と転写因子結合部位の多様性のために、これらの遺伝子の発現の制御機構がこれらの生態型で変化したことを示唆している。何よりも、私たちの研究は、遺伝子機能の説明と、遺伝子機能の研究に使用される生態型候補に関する情報を提供するだろう。