ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

ミトコンドリアおよび細胞質ピロホスファターゼ（PPA）遺伝子およびタンパク質の比較および進化研究

ロジャー・S・ホームズ、キンバリー・D・スプラドリング・リーブス、ローラ・A・コックス

無機ピロホスファターゼ (PPA; PPase) (EC: 3.6.1.1) は、脊椎動物組織の細胞質 (PPA1) およびミトコンドリア (PPA2) 内で二リン酸加水分解酵素として機能するジホスファターゼ酵素ファミリーのメンバーです。PPA1 および PPA2 のアミノ酸配列と構造、および PPA のような遺伝子の位置は、いくつかのゲノム プロジェクトのバイオインフォマティクス データを使用して調べられました。配列アラインメントと主要な保存アミノ酸残基も調査されました (ヒト PPA2 残基が特定されました)。ミトコンドリア シグナル ペプチド (1-31)、および Mg2+ 結合 (164Asp、169Asp、および 201Asp)、基質結合 (127Arg)、およびプロトン供与部位として機能する (138Tyr) 活性部位残基です。報告されている酵母PPA1構造（PDB: 1E9G）を使用して、脊椎動物PPA1およびPPA2の予測2Dおよび3D構造が特定されました。脊椎動物PPA1およびPPA2遺伝子には通常、それぞれ11または12のコーディングエクソンが含まれており、脊椎動物PPA2遺伝子には拡張されたエクソン1と追加のエクソン3が観察されています。転写因子結合部位とCpG104はヒトPPA2遺伝子プロモーター内に、MiR-590はPPA2 3'UTR内に特定されました。系統解析により、祖先の無脊椎動物PPA遺伝子が遺伝子重複イベントを経て、脊椎動物遺伝子の進化の2つの別々の系統、PPA1とPPA2を形成したことが示唆されました。