水産養殖研究開発ジャーナル

概要

種特異的分子マーカーを用いたLabeo rohitaとCirrhinus marigalaの自然集団における遺伝的多様性の比較分析

ファイサル・タスリーム*、シャヒド・M、ヒナ・ファティマ、ヌーマン・グルザール・M

一般にロフとして知られるLabeo rohitaと、一般にモラッカとして知られるCirrhinus marigalaは、経済的に最も重要で、インド亜大陸全体で広く養殖されている魚種です。これらの種の適切な管理、保全、収益性の高い生産には、遺伝的評価が必要です。さまざまな種類の分子マーカーが利用可能ですが、SSRは、均等な分布、ゲノム内の豊富さ、共優性、多型、低コストの検出、および多対立遺伝子の性質により、最も重要なマーカーです。この研究では、パキスタンのチェナブ川のヘッド・パンジナド、ヘッド・ムハンマド・ワラ、ヘッド・トリム地域から、各種のサンプルを10個ずつ収集しました。 DNA の抽出後、5 つの単純配列繰り返しマーカーの増幅、PAGE でのそれらの分解、および遺伝子型データの対立遺伝子スコアリングを使用して、POPGENE バージョン 1.32、FSTAT バージョン 2.9.3.2、Jaccard および Dice 類似度係数、単純マッチング分析、および NTSYS-PC パッケージの SIMQUAL プログラムを使用して、さまざまな遺伝的多様性指標を分析しました。

Labeo rohitaの場合、合計 26 の対立遺伝子と 260 の遺伝子座が検出され、そのうち 189 が多型であることがわかりました。5 つのマーカーの多型は 43.33%～96% の範囲で変化し、平均値は 72.69% でした。対立遺伝子頻度は 0.2000～0.9000 の範囲で変化し、平均値は 0.4600、対立遺伝子数は 4.000～9.000 の範囲で変化し、平均値は 5.2000、遺伝子多様性は 0.1800～8800 の範囲で変化し、平均値は 0.6360、PIC 値は 0.1638～0.8680 の範囲で変化し、平均値は 0.6012 でした。収集された 10 個のサンプル間のペアワイズ遺伝的差異は 0.400～0.900 の範囲で変化し、ペアワイズ遺伝的類似性は 0.100～1.000 の範囲でした。 UPGMA に基づくクラスター分析により、Labeo rohitaの 10 個のサンプルが3 つのクラスターと 3 つのサブクラスターに分割されました。同様に、Cirrhinus marigalaの 5 つの SSR マーカーは、240 個の多型遺伝子座を持つ 10 個のサンプルにわたって 30 個の対立遺伝子と 300 個の遺伝子座を示しています。多型は 70% ～ 96% の範囲で、平均値は 80% です。対立遺伝子頻度は 0.4000 ～ 0.9000 の範囲で、平均値は 0.6600 です。対立遺伝子数は 4.000 ～ 9.000 の範囲で、平均値は 6.000 です。遺伝子多様性は 0.1800 ～ 0.7800 の範囲で、平均値は 0.4680 です。PIC 値は 0.1638 ～ 0.7578 の範囲で、平均値は 0.4422 です。Cirrhinus marigalaの 10 個のサンプル間のペアワイズ遺伝的差異は0.2000～0.800 の範囲で、ペアワイズ類似性は 0.200～1.000 の範囲です。UPGMA に基づくクラスター分析により、Cirrhinus marigalaのすべてのサンプルが 3 つのクラスターと 3 つのサブクラスターに分割されました。この研究は、パキスタン政府と関係機関がこれらの種、特にCirrhinus marigalaの遺伝的構造の改善に向けて真剣な措置を講じる必要があることを明らかにしています。