植物病理学および微生物学ジャーナル

概要

ジャガイモYウイルスの迅速検出のための比色免疫捕捉逆転写ループ介在等温増幅アッセイ

モハマド・アミン・アルマシとセイエドモハマド・ホッセイニ・デハバディ

ループ介在等温増幅（LAMP）アッセイは、一定温度下でDNAを増幅する新しい技術であり、高い特異性、感度、迅速性、効率性を備えています。逆転写PCR（RT-PCR）、逆転写ループ介在等温増幅（RT-LAMP）、DAS-ELISAなどの診断アッセイに必要な時間を最小限に抑えるために、ジャガイモウイルスY（PVY）ゲノムに基づいた革新的な比色IC-RT-LAMPおよびIC-RT-PCRプロトコルが使用され、最適化されました。最初に、DAS-ELISAアッセイを実行して、95の疑わしいサンプルを含むコレクションでウイルスを検出しました。最後に、5つのサンプルが陽性サンプルとして検出されました。次に、陽性サンプルを分子的方法で検証しました。この点に関して、RT-LAMPプライマー4つ（すなわち、F3、B3、FIP、BIP）とRT-PCRプライマー（FおよびB）は、PVYゲノムのコートタンパク質遺伝子（CP）に基づいて選択されました。DAS-ELISA、RT-PCR、およびRT-LAMPアッセイは、陽性感染植物サンプルを正常に検出できましたが、時間、安全性、感度、コスト、および簡便性を考慮すると、最後のアッセイが全体的に優れていました。さらに、結果は、RT-LAMPアッセイがRT-PCRと比較して100倍の感度と3倍の速さであることを示しました。LAMPアッセイは、サーマルサイクラーマシンや高度な研究室設備のないウォーターバスで達成されました。一方、IC-RT-LAMP産物を正確に検出するための6つの異なる視覚染料の中で、ヒドロキシナフトールブルー、GeneFinder ^TM、およびSYBRグリーンIは、クロスコンタミネーションのリスクを防ぐためのクローズドチューブベースのアプローチで長く安定した色の変化と明るさを生み出すことができ、最終的に最良のものであると結論付けられました。したがって、私たちはこの比色アッセイを、PVY 認識およびおそらく他のウイルスベースの疾患に関する信頼性の高い代替ウイルス認識システムとして提案します。