薬理ゲノミクスと薬理プロテオミクスのジャーナル

概要

大腸炎における口腔および腸内微生物叢のプロファイルを作成するバイオインフォマティクスアプローチ

サムメッド・N・マンダペ

バイオインフォマティクスとハイスループットシーケンス技術の進歩により、ヒトマイクロバイオームの探索能力が大幅に向上しました。 16S リボソーム RNA (rRNA) をシーケンスして、ヒトマイクロバイオームの分類学的構成を理解します。 この研究では、微生物生態学の定量的洞察 (QIIME) を使用して、病気 (クローン病 (CC) または潰瘍性大腸炎 (UC)) の結腸サンプルと隣接する健康な結腸サンプルからの 16S rRNA シーケンスデータのバイオインフォマティクス分析を実行しました。 さらに、これらのサンプルの人種固有の情報を考慮して、アフリカ系アメリカ人と白人の結腸マイクロバイオームの違いを比較しました。 その結果、208 の異なる細菌種が特徴付けられました。 ただし、種レベルで説明された細菌は 53 種類だけでした。 病気の CC および UC サンプルの無害な細菌の割合は、隣接する健康な結腸サンプルとは異なっていました。さらに、病気のサンプルのマイクロバイオームは、フィルミクテス門（連鎖球菌、ブドウ球菌、ペプトストレプトコッカス）とフソバクテリア門（フソバクテリウム）に属する口腔細菌が大部分を占めていました。この結果は、アフリカ系アメリカ人と白人のマイクロバイオームの違いも示しており、健康格差に関する研究の潜在的焦点を示しています。