ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

悪性中皮腫における表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間法由来キネシンバイオマーカーの検証の試み

スティーブン・M・ブリンドリー、ブライアン・C・トゥーカー、ハーヴェイ・I・パス、リー・S・ニューマン

表面増強レーザー脱離イオン化飛行時間型 (SELDI-TOF) 質量分析法によって、研究者はプロテオームから疾患のバイオマーカーを検索できます。従来の方法論を使用して SELDI-TOF の結果を検証すると、さまざまな結果が得られました。リアルタイム PCR、ELISA、ウェスタン ブロット アッセイを使用して、アスベスト関連癌とキネシン ファミリー タンパク質 KIF5A および KIF18A との関連性を確認しようとしました。これらのタンパク質は、アスベスト関連癌患者の血清で SELDI-TOF と分類および回帰ツリー分析 (CART) を使用して特定されました。十分に特性がわかっているアスベスト繊維を使用して中皮細胞株を刺激すると、KIF5A および KIF18A RNA 発現でさまざまな結果が見られました。中皮腫細胞株と形質転換した中皮細胞のタンパク質レベルを比較したウェスタンブロット分析では、同じ患者から採取したヒト中皮腫と非癌性腹膜のウェスタンブロット分析と同様に、決定的な結果は得られませんでした。これらの結果は、SELDI-TOF CART によって検出されたキネシン ファミリー タンパク質が悪性中皮腫のバイオマーカーとして役立つ可能性は低いことを示唆しています。