ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

非線形ダイナミクスカオスモデルを用いたSARS-CoV-2の拡張分析

Lin Fang、Xinlei Wang、Zhongyuan Lai、Dongdong Zhang、Mengqu Wu、Zhirui Pan、Li Wang、Kun Tang、Dahong Qian、Zhende Huang、Xudong Wang、Haibo Chen

2次元セルオートマトン（CA）図は、ヌクレオチド配列とアミノ酸配列を描写する代替方法です。ここでは、2次元CA図がCOVID-19パンデミックの病原体であるSARS-CoV-2の遺伝子とゲノムのヌクレオチド配列（塩基配列）を鮮明に描写できることを示しました。遺伝コドンのルールに厳密に従えば、CA図は遺伝コドンを描写し、SARS-CoV-2のタンパク質のアミノ酸配列を間接的に表現することもできます。CA図は、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列間の全体的かつ詳細な違いを明らかにすることができ、TMPRSS2などの宿主プロテアーゼの切断認識部位や、SARS-CoV-2のスパイクタンパク質の受容体結合ドメイン（RBD）など、異なるSARS-CoV2株の配列間で1つのアミノ酸またはヌクレオチドのみの変化にも敏感な配列の詳細に非常に敏感です。 CA 画像は、ウイルスの遺伝子やアミノ酸配列のメッセージの数学的基礎を提供したり、SARS-CoV2 や他のウイルスの遺伝子メッセージを表現するときに人工知能に適用したりできると考えています。