ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

ゲノム配列中に発見された回文とn進法頻度の分析

ダン・オフィール

n 元および回文トラクトを調査する動機は、Chargaff と同僚がゲノム内の特定の DNA バイナリ トラクトの過剰表現を発見したことに端を発しています。彼らは、さまざまな種の遺伝子のさまざまな場所にあるさまざまな 3 元トラクトの頻度を調査しました。現在の研究では、3 元トラクトをさらに調査しており、回文は今後指定トラクトと呼びます。指定トラクトには、長さと場所の異常な頻度がありますか? 指定トラクトの量をその単一要素の頻度に応じて分析する理論的な数学的分析が実行されました。指定トラクトは、シーケンスを構成するセットのサブセットからの混合要素を持つもの、およびより低い n 元の長いトラクトで構成されるものに従って分類されます。たとえば、トラクト分析では、特別な現象が 3 元トラクトによるものか、それに含まれる長いバイナリ トラクトによるものかを調べます。ゲノムにおける関心のある最大の n 次元トラクト順序は 3 (三元) です。4 は遺伝子全体です。ただし、n 次元トラクトのより高い順序は、「信頼性理論」などの他の分野で関心を集めています。したがって、指定されたトラクトの一般的な定式化と処理がここで示され、過去 20 年間に徹底的に調査されたゲノムの側面について実証されています。