遺伝遺伝学: 現在の研究

概要

非生物的ストレス条件下でのデンドロビウム・オフィシナレの Ty1-copia グループレトロトランスポゾンの活性化

Cong Li、Yuan Jiang、Yanhui Gao、Jinping Si

本研究では、ユニバーサルプライマー Ty1-copia レトロトランスポゾン逆転写酵素 (RT) を使用することで、寒冷ストレスと浸透圧ストレスによって誘導される約 260 bp の保存された逆転写酵素ドメインを Dendrobium officinale から RTPCR によって増幅し、レトロトランスポゾンがストレス条件によって活性化される可能性があることを示しました。アンプリコンは回収され、関連するバイオインフォマティクス ソフトウェアによる配列決定と分析のためにクローニングされました。転写活性化された 78 個の Ty1-copia 様レトロトランスポゾン RT が、高い異質性で得られました。これらの配列の長さは 245～265 bp で、すべての配列に AT が豊富に含まれ、相同性は 42.9%～99.2% でした。ゲノムのTy1-copia類似レトロトランスポゾンRTと同様に、ストレス条件によって誘導されるさまざまなシス作用調節要素と開始転写シグナルは、CAATボックス、TATAボックス保存配列、およびその他の調節要素に対応しています。Ty1-copiaレトロトランスポゾンの逆転写酵素転写活性化のストレス条件によって誘導されるシス作用調節要素は、ゲノムのTy1-copia類似レトロトランスポゾンRTよりも大幅に増加しています。アミノ酸に翻訳すると、一部の配列は停止コドン変異または/およびフレームシフト変異を示し、すべての配列は保存配列「SLYGKQ」に変異を示しました。アミノ酸配列のアラインメント解析後の系統発生解析により 4 つのカテゴリーが特定され、ゲノムの Ty1-copia 様レトロトランスポゾン RT との相同性は低く、ストレス条件下で誘導される Ty1-copia レトロトランスポゾンの転写活性化逆転写酵素は、ゲノムの Ty1-copia 様レトロトランスポゾン RT と有意な違いがあることが示されました。