微生物および生化学技術ジャーナル

概要

微生物の迅速な識別のための新しいウェブサーバー

オリヴィエ・クローチェ、フランソワ・シュヴネ、リチャード・クリステン

小サブユニットリボソームRNA（SSU rRNA）遺伝子配列は現在、微生物の同定に広く使用されています。しかし、現在公開されているデータベースは、環境サンプルから分離されたDNAのPCRおよびクローニングから得られたrRNA遺伝子配列がほとんどです。これらの配列のほとんどは注釈が不十分で、適切な分類上の割り当てがありません。その結果、この大量の配列により、日常的な同定が非常に面倒になることがよくあります。
私たちは、微生物分離株を迅速かつ確実に同定するための新しいWebサーバーを提案します。これにより、系統解析に進むために、関連配列とその分類を取得できます。このWebツールは、細菌、古細菌、原生動物の培養種の特定のデータベースに基づいています。さらに、同定手順に役立つさまざまなデータをダウンロードできます。サーバーには、注釈付きの系統樹を自動的に表示するオンラインソフトウェアも含まれています。