微生物および生化学技術ジャーナル

概要

大腸がんにおける末梢血の遺伝子発現プロファイル

Chi-Shuan Huang、Harn-Jing Terng、Yu-Chiu、Sui-Lung Su、Yu-Tien Chang、Chin-Yu Chen、Woan-Jen Lee、Chung-Tay Yao、Hsiu-Ling Chou、Chia-Yi Lee、チェン・アン・スン、チンファン・ライ、ルー・パイ、チー・ウェン・チャン、カン・ファ・チェン、トーマス・ウェッター、ユン・ウェン・シーそしてチューミン・チュー

背景: 血液ベースの検査で大腸がん (CRC) を検出するための最適な分子マーカーを評価しました。マイクロアレイ技術は、大腸がん研究において大きな可能性を示しています。マイクロアレイ研究でがんと有意に関連する遺伝子が、この研究の候補遺伝子として選択されました。インターネットで公開されているマイクロアレイデータセットをプールすることで、以前の研究におけるサンプル数が少ないという制限を克服できます。目的: 公開されているマイクロアレイデータセットを使用して、大腸がんの遺伝子発現プロファイルを検証します。方法: ロジスティック回帰分析を実行し、CRC とコントロールの間で各遺伝子のオッズ比を決定しました。 GSE 4107、4183、8671、9348、10961、13067、13294、13471、14333、15960、17538、および 18105 の公開マイクロアレイ データセットには、腺癌の症例 519 件と正常粘膜のコントロール 88 件が含まれており、ロジスティック モデルから候補遺伝子を検証し、その外部一般性を推定するために使用されました。結果: ロジスティック回帰分析で最高の結果を示した CPEB4、EIF2S3、MGC20553、MAS4A1、ANXA3、TNFAIP6、IL2RB の 7 遺伝子モデルがペアで選択されました (HL p=1.000、R2=0.951、AUC=0.999、精度=0.968、特異度=0.966、感度=0.994)。結論: 新しい遺伝子発現プロファイルは CRC と関連しており、血液ベースの検出アッセイに適用できる可能性があります。