ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

植物におけるマイクロRNA同定のための計算的アプローチ：ゲノムベースの予測とRNA-Seqデータの組み合わせ

ホルヘ・S・オリベイラ、ヌーノ・D・メンデス、ビクター・カロチャ、クララ・グラサ、ホルヘ・A・パイバ、アナ・T・フレイタス

マイクロRNAは、標的のメッセンジャーRNAをサイレンシングすることで作用する内因性分子であり、植物と動物の両方で多くの生理学的プロセスにおいて重要な調節的役割を果たしています。ここでは、もともと動物のマイクロRNA発見のために開発されたシングルゲノムマイクロRNA検索ツールであるCRAVELAと、マイクロRNA前駆体の他の部分と比較した成熟配列に由来するRNAフラグメントの予想される相対的豊富さを利用して、候補の発現プロファイルを評価するための新しいスコアリング機能を提供するNGSデータ分析アルゴリズムを使用するパイプラインを提案します。このアプローチは、経済的に重要であるにもかかわらずマイクロRNAが文書化されていないユーカリ属でテストされました。私たちのアプローチの結果、保存された配列と保存されていない配列の両方を含む候補の短いリストが得られました。実験検証では、最高スコアの非保存配列から選択された8つの候補のうち6つで増幅が示されました。