ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

GMO大豆と非GMO大豆の種子に含まれるタンパク質とフェノール化合物の比較

サヴィシーリー・S・ナタラジャン*、ファルーク・H・カーン、ダヴァナンド・L・ルスリア、マーク・L・タッカー、キジアン・ソング、ウェスリー・M・ギャレット

大豆タンパク質は、人間や動物の食事において貴重で重要な成分です。米国で栽培される大豆の約 94% は、品質と生産性を高めるために遺伝子組み換え (GM) されています。遺伝子組み換えによって付加価値のある形質が継続的に開発されているため、GM 大豆種子に意図しない変化が生じていないかを判断することが重要です。この調査では、イベント 1、2、3 と表記される 3 つの異なるトランスジェニック ラインを選択しました。これらのラインには、除草剤耐性選択遺伝子 (バー) と β-グルクロニダーゼ (GUS) レポーター遺伝子の遺伝子が含まれ、それぞれ二重 35S カリフラワー モザイク ウイルス (CaMV) プロモーターと大豆ポリガラクツロナーゼ (Glyma12g01480) プロモーターを使用して発現されています。トランスジェニック ラインと非トランスジェニック ラインは、それぞれ 35S カリフラワー モザイク ウイルス (CaMV) プロモーターと大豆ポリガラクツロナーゼ (Glyma12g01480) プロモーターを使用して発現されています。 祖先同位体（対照）は、プロテオームおよびフェノール化合物分析の両方に使用された。種子タンパク質 2次元ポリアクリルアミドゲル電気泳動（2D-PAGE）で分離した。タンパク質抽出液1本あたり約1300個のタンパク質スポットが検出されたが、そのうち30個が、コントロールと3つのイベントのタンパク質ゲルにおける相対的存在量のソフトウェアによる差異（ANOVA）に基づいてさらに分析するために選択された。その後のBonferroni補正後の統計分析では、30個のタンパク質スポットのうち2個のみが1%の確率レベルで有意に異なっていた。イベント2の2個のタンパク質スポット、イソフラボン還元酵素とキニーネ酸化還元酵素様タンパク質は、コントロールおよび他の2つのトランスジェニックイベントとは有意に異なっていた。30個のタンパク質スポットはすべて、質量分析（MS）で分析および同定され、その後、Mascot 検索エンジン。タンパク質に加えて、2 種類のフェノール化合物、イソフラボノイドとフェノール酸が LC-MS によって分析されました。結果は、コントロールまたは 3 つのトランスジェニック イベントで、どちらのフェノール化合物の量またはプロファイルにも系統的な違いがないことを示しました。