ゲノミクスとプロテオミクスにおけるデータマイニングのジャーナル

概要

次世代シーケンシングとバイオインフォマティクス解析による小型RNAライブラリを利用した新規柑橘類らいウイルス細胞質型2の発見に関する事例研究

アビジット・ロイ、ジョナサン・シャオ、ジョン・S・ハートゥング、ウィリアム・シュナイダー、RH・ブランスキー

「次世代」シーケンシング (NGS) と呼ばれる革新的なシーケンシング技術の出現により、事前の知識なしに「未知の既知」および「未知の未知」のウイルス病原体を特定するための新しいアプローチがもたらされました。植物ウイルスのゲノムは、感染した宿主内で極めて低い力価で発生している場合でも、迅速に決定できます。この方法は、RNA サイレンシング宿主防御によって生成される、長さ 18 ～ 35 ヌクレオチドの小さな RNA 分子の集団の大規模な並列シーケンシングに基づいています。化学、バイオインフォマティクス ツールの改善、およびエンジニアリングの進歩により、NGS のコストが削減され、アクセス性が向上し、植物ウイルス学の分野での応用が可能になりました。このレビューでは、分子生物学とバイオインフォマティクス ツールの適用と組み合わせた Illumina GA IIX プラットフォームの利用を、新しい細胞質柑橘類らいウイルス (CiLV) の発見に役立てる方法について説明します。この新しいウイルスは CiLV に典型的な症状を引き起こしましたが、以前に記載されたウイルスの血清学的検査や PCR ベースの検査では検出されませんでした。新しいウイルスのゲノムは、ゲノム リソースが不完全な重要な園芸作物であるスイート オレンジ (Citrus sinensis) にも低力価で存在していました。これは園芸研究で一般的な状況であり、このアプローチの幅広い有用性の例を示しています。新しいウイルスの発見に加えて、配列データはウイルスの進化と生態、およびウイルスと宿主のトランスクリプトームの相互作用の研究にも役立つ可能性があります。